本校創立於民國三十五年，原稱汐止十三分教場，位於汐止南港交界的白雲里，每到晴空萬里的好天氣，極目眺望盡是白雲悠悠，然而早年因為軍事重地與居民務農的因素，致於白雲國小的學童均需翻山越嶺到山上唸書，也奠下日後學校搬遷的主因。

　　民國五十八年，汐止橫科地區遂漸發展人口聚集，台北縣政府遂於目前之校址設立白雲國小橫科分校，民國六十三年因為本校人口流失嚴重，遂將橫科分校改為白雲國小本校，原白雲國小本校改為碧雲分校，民國七十三年，因為學生已未達標準，碧雲分校正式裁撤，也宣告了白雲國小在橫科地區重新發展的時代來臨，而本校土地面積達2.58公頃，格局方正，為都市中難得一見的綠色校園，另碧雲分校面積約0.74公頃，目前由人本教育基金會承租，辦理實驗教育森林小學。

                   白雲國小位於新北市汐止區與臺北市南港地區交界，學校旁的大坑溪正是劃分雙北市的分界，目前為新北市與台北市自由學區，校內學生分別來自新北市與台北市，毗鄰而居的中央研究院為全國最高學府，其豐富的資源也是學校經常運用的社區資源；基本學區包含汐止區橫科、福山、宜興、東勢、白雲五里，自由學區包含台北市南港區九如、舊莊、中研、新富里等里。

                 學校近年來積極發展雙語教學及資訊教育，為新北市雙語課程實驗學校及教育沈浸式英語教學特色學校，辦學績效卓著，學生人數屢創新高，為新北市額滿學校之一。